实验室吴家红教授课题组的研究成果“Genomics evolution of Jingmen viruses associated with ticks and vertebrates”于近日在线发表于Genomics杂志（IF = 4.4，JCR Q2）。本研究由课题组研究生李威仪、李容庭为共同第一作者，吴家红教授为通讯作者。

自2014年首次在蜱虫中检测到Jingmen tick virus (JMTV)以来，全球已在蜱虫、蝙蝠等物种中发现多种类似的分节段的类黄病毒（flavi-like virus），这些未分类的类黄病毒被统称为Jingmen virus组 (JMV)。其中一些与蜱虫和脊椎动物相关的JMV已被发现与人类疾病有关，如Jingmen tick virus与Alongshan virus，但他们基因组之间的进化情况仍不清楚。

JMV的基因组结构包含四个节段。节段1编码非结构蛋白 1，它是一种 RNA 依赖性 RNA 聚合酶，与黄病毒 NS5 蛋白同源；节段3编码非结构蛋白 2，与黄病毒 NS2b-NS3 复合物同源；节段2和节段4分别编码不同的蛋白，是该病毒群特有的蛋白。

在本研究中，作者将从贵州省遵义市的微小扇头蜱中检测到的一株Jingmen Tick Virus与从GenBank数据库中检索的已知采样日期和地理区域的JMV病毒株一起纳入分析。该数据集包含37株Jingmen tick virus、6株Alongshan virus、2株Takachiviirus、4株Yanggou tick virus、1株Hainan jingmen-like virus、 1株Guangdong jingmen-like virus和1株Pteropus lylei jingmen virus共7种52株JMV。

以JMV四个节段分别构建的进化树中，节段1和节段3的系统发生树拓扑结构相似，而节段2和节段4分别形成了不同的拓扑结构，主要发生在Alongshan virus (ALSV)、Takachi virus (TAKV)、Yanggou tick virus (YGTV)和Pteropus lylei jingmen virus (PLJV)四种病毒之间，表明这四种病毒在节段2和阶段4发生了基因重排

图1. JMV节段1与节段3相似的进化树结构

图2. JMV节段2与节段4在不同病毒间发生了基因重排

同时，作者对这些病毒进行了基因重组信号的检测，共检测到8个重组信号。其中检测到 PLJV 与 ALSV 在四个节段中有不同长度的重组，且在节段1、2和3中重组片段位于编码区。在贵州和浙江的不同蝙蝠携带的 JMTV 基因组中发现节段1和 3 存在重组。这些与蜱虫和脊椎动物相关的JMV之间发生的基因重排与重组不仅使它们的进化关系变得复杂，同时这种能在跨物种传播过程中发生基因交换的能力也提高了它们能够感染人类的风险。

图3. JMV 不同节段检测到的重组序列（蓝色阴影）

本研究受国家自然科学基金（82160633）与贵州省高层次创新型人才（黔科合平台人才-GCC[2022]033-1）资助，在此表示衷心感谢。